In silico primer design and CpG island detection in HSP90 gene chicken (Gallus gallus)

Abstrak

Cekaman panas merupakan salah satu faktor  penyebab penurunan produktivitas, kesehatan dan peningkatan kematian pada ayam. Terdapat mekanisme pertahanan tubuh untuk mengatasi stres panas tersebut dengan menghasilkan sekelompok protein, yang dikenal sebagai Heat shock Protein (HSP), di antaranya HSP90. Perkembangan biologi molekuler memungkinkan gen HSP90 ini dapat dimanfaatkan sebagai penanda cekakaman panas pada ayam. Gen HSP90 mempunyai keistimewaan karena terdiri dari dua isoform: yaitu HSP90α (HSP90AA1 dan HP90AB1) dan HSP90β (HSP90B1), yang masing-masing memiliki karakteristik struktur dan polimorfisme gen yang berbeda-beda serta belum banyak diteliti. Oleh sebab itu dilakukan perancangan primer dan deteksi CpG Island pada gen HSP90 dengan menggunakan perangkat lunak Primer3, Netprimer, dan MethPrimer secara in silico. Hasil penelitian menunjukan 24 kandidat primer pada gen HSP90AA1 (9), HSP90AB1 (10) dan HSP90B1 (5) yang dapat digunakan untuk melihat polimorfisme untuk dijadikan marker cekaman panas pada gen HSP90 ayam. Deteksi potensi CpG Island dilakukan pada daerah promoter dan ekson pertama pada gen HSP90 ayam. Deteksi CpG Island menghasilkan hanya satu CpG Island pada gen HSP90AA1 dan dua CpG Island masing-masing ditemukan pada gen HSP90AB1 dan HSP90B1. Diharapkan hasil penelitian ini dapat digunakan untuk penelitian database cekaman panas pada ayam lokal Indonesia.